发酵工程是将微生物学的原理应用到工、农、医等生产部门中而形成多学科知识的一门课程。它是一门含有现代生物科学和工程的科学技术，是建立在牢固掌握生物化学、微生物学、化工原理等专业基础课的理论知识和实践技能基础上的课程。它还涉及发酵工厂设计、发酵产品下游分离技术、生物工艺学等课程内容。主要包括发酵工程上游技术、发酵工程原理、发酵代谢控制、发酵工程设备及发酵工艺学五大部分。同时它又是一门应用性和实践性较强的课程。